Masovna grobnica otkrivena je 2001. godine u Centru za obuku policije “13. maj” u beogradskom predgrađu Batajnica, oko 20 kilometara od centra glavnog grada Srbije.
Grobnica je otkrivena godinu dana nakon svrgavanja s vlasti tadašnjeg autoritarnog predsjednika Slobodana Miloševića, koji je vladao tokom ratova devedesetih. To se smatralo prvim znakom spremnosti nove demokratske vlade da se suoči sa ulogom Srbije u ratu na Kosovu (1998.–1999.), u kojem je ubijeno 13.000 ljudi, dok je milion protjerano. Većina ubijenih i protjeranih su bile osobe albanske nacionalnosti.
U Batajnici su pronađeni posmrtni ostaci 744 osobe, Albanaca s Kosova, ubijenih u proljeće 1999. od Jugoslovenske vojske, srpske policije i paravojnih formacija. Većina žrtava bili su civili – muškarci, žene, djeca i starije osobe. Uz njihove posmrtne ostatke, forenzički timovi pronašli su i nakit, olovke, kutije cigareta, klikere, digitrone, razne karte i jedan domaći zadatak iz historije. Iako se Batajnica smatra jednom masovnom grobnicom, ona se zaista sastoji od pet masovnih grobnica i tri povezana elementa.
Tijela su u periodu od tri mjeseca – u aprilu, maju i junu 1999. godine – u Beograd prebačena kamionima iz primarnih grobnica ili s mjesta likvidacije na Kosovu. Ova operacija prikrivanja zločina bila je zajednička operacija srpskog rukovodstva, policije, vojske i komunalnih službi.
S obzirom da je istovremeno sa sprovođenjem ove operacije trajalo i NATO bombardovanje Jugoslavije, policijski centar u Batajnici je napušten, zbog strahovanja da može biti meta napada Zapadne alijanse. Oni koji su učestvovali u zataškavanju zločina nadali su se da će masovna grobnica ostati tajna, međutim ostali su vidljivi tragovi promjene terena i guma kamiona.
Osobe uključene u operaciju imale su sklopljen “pakt o tajnosti”, ali nakon svrgavanja Miloševićevog režima mnogi su odlučili da progovore, jer su se bojali krivičnog gonjenja od strane Međunarodnog krivičnog suda za bivšu Jugoslaviju (MKSJ). U to vrijeme MKSJ već je bio optužio Miloševića za ratne zločine u Hrvatskoj, Bosni i Hercegovini i na Kosovu, a optužbe su uključivale i operacije prikrivanja ratnih zločina širom bivše Jugoslavije. Milošević je preminuo prije nego mu je izrečena presuda.
MKSJ je donio dvije presude kojima je nekoliko državnih i vojnih zvaničnika proglašeno krivim za prikrivanje zločina transportovanjem tijela ratnih žrtava s Kosova u Srbiju. Među njima su bili oficiri Jugoslovenske vojske Nebojša Pavković, Dragoljub Ojdanić i Sreten Lukić, zvaničnici Ministarstva unutrašnjih poslova Srbije, Sreten Lukić i Vlastimir Đorđević, kao i potpredsjednik Vlade Jugoslavije Nikola Šainović.
Masovna grobnica se još uvijek nalazi u krugu policijskog centra i javne posjete nisu dozvoljene. Sve posjete treba odobriti policija, što se rijetko dešava. U blizini masovne grobnice izgrađena je nova pravoslavna crkva, što neki smatraju uvredom albanskih žrtava. Bilo je i poziva da Batajnica postane memorijalni centar, ali to se nije dogodilo.