Masovnu grobnicu na glavnom groblju u Prizrenu otkrili su međunarodni forenzičari koji su radili za Ujedinjene nacije 1999. godine, nakon povlačenja srpskih snaga sa Kosova. U grobnici su se nalazila tijela civila ubijenih u opštini Prizren.
Opština Prizren, koja se nalazi u jugozapadnom dijelu Kosova, blizu granice sa Albanijom, prije početka rata 1999. godine, bila je naseljena nacionalno mješovitim stanovništvom.
Mnogi zločini u ovoj opštini su počinjeni tokom NATO bombardovanja Jugoslavije, kada je jugoslovenski predsjednik Slobodan Milošević pojačao represiju nad kosovskim Albancima.
Naselje Tusus u Prizrenu bilo je posebno žarište zločina u tom periodu. Prema međunarodnoj organizaciji Human Rights Watch, srpske snage su ubile od 27 do 34 osobe i spalile preko 100 kuća u napadu na Tusus 26. maja 1999. godine.
Prema riječima svjedoka, izvršioci napada, najnasilnijeg incidenta u Prizrenu tokom sukoba, bili su pripadnici specijalnih policijskih snaga i srpskih paravojnih formacija.
Nakon ubistava, dovezen je kamion kako bi u njemu bila utovarena tijela mrtvih. Prema izvještaju Human Rights Watch-a, u grupi ljudi koji su dovezli kamion bio je vozač albanske nacionalnosti, četiri civilna lica srpske nacionalnosti i četri osobe romske nacionalnosti, koji su bili zaduženi za izvlačenje tijela.
„Njihov kamion je bio pun leševa”, ispričao je jedan svjedok. „Bio je otvoren pozadi i mogli ste ih vidjeti. Išli su od kuće do kuće tražeći tijela. Bacali su ih u stražnji dio kamiona kao vreće“.
Ipak, sa izuzetkom naselja Tusus, etničko čišćenje Prizrena sprovedeno je s manjim stepenom nasilja i brutalnih napada u poređenju s mnogim drugim dijelovima Kosova. Okolna sela, međutim, nisu pošteđena i organizovano je proterivanje i ubijanje albanskog stanovništva.
Ubijene žrtve iz grada Prizrena i okolini ukopani su u više manjih masovnih grobnica ili na centralnom groblju u neobilježenim grobnicama.
Treća armija Vojske Jugoslavije (VJ), nadležna za Kosovo, imala je kasarnu u Prizrenu, a svjedoci tvrde da je vojska bila veoma aktivna u ovoj opštini i da je svoje akcije koordinisala s policijom.
U Prizrenu je bila stacionirana 549. motorizovana brigada VJ, kojom je komandovao Božidar Delić. Tužilaštvo za ratne zločine Srbije vodilo je istragu o Deliću, ali on nikada nije optužen. Nakon rata, Delić je bio aktivan u političkom životu Srbije, a također je bio i skupštinski poslanik. Preminuo je 2022. godine.