Varri masiv në varrezat kryesore në Prizren u zbulua nga ekspertë ndërkombëtarë të mjekësisë ligjore që punonin për Kombet e Bashkuara në vitin 1999, pas tërheqjes së forcave serbe nga Kosova. Varri përmbante trupa të civilëve të vrarë në komunën e Prizrenit.
Komuna e Prizrenit, e ndodhur në skajin jugperëndimor të Kosovës, afër kufirit me Shqipërinë, kishte një popullsi etnike relativisht të përzier para fillimit të luftës në vitin 1999.
Shumë krime u kryen në komunë gjatë bombardimeve të NATO-s në Jugosllavi, kur presidenti jugosllav Sllobodan Millosheviç e shtoi represionin e tij ndaj shqiptarëve të Kosovës.
Lagjja Tusus e Prizrenit ishte një fokus specifik i krimeve gjatë asaj periudhe. Sipas Human Rights Watch, forcat serbe vranë rreth 27 deri në 34 njerëz dhe dogjën mbi 100 shtëpi në një sulm në Tusus më 26 maj 1999.
Sipas dëshmitarëve, autorët e sulmit, incidenti më i dhunshëm në Prizren gjatë konfliktit, ishin një përzierje e forcave speciale të policisë dhe paraushtarakëve serbë.
Pas vrasjeve, një kamion mbërriti për të marrë kufomat e të vdekurve. Sipas një raporti të Human Rights Watch, personat që sollën kamionin përfshinin një shofer shqiptar etnik, katër nëpunës civilë serbë dhe katër romë që kishin për detyrë të merrnin kufomat.
“Kamion i tyre ishte plot me trupa të pajetë”, tha një dëshmitar. “Ai ishte hapur nga mbrapa dhe mund t’i shihje. Ata shkonin shtëpi më shtëpi duke kërkuar trupa. I hidhnin në pjesën e pasme të kamionit si thasë.”
Me përjashtim të lagjes Tusus, spastrimi etnik në qytetin e Prizrenit u krye me më pak dhunë dhe më pak sulme brutale se në shumë pjesë të tjera të Kosovës. Megjithatë, fshatrat përreth nuk u kursyen dhe pati dëbime dhe vrasje të organizuara të shqiptarëve etnikë.
Të vrarët në qytetin e Prizrenit dhe zonat përreth u varrosën në një numër varresh masive më të vogla ose në varrezat qendrore në varre të pashënuar.
Armata e Tretë e Ushtrisë Jugosllave, e cila ishte përgjegjëse për Kosovën, kishte një kazermë në Prizren dhe dëshmitarë kanë pohuar se ushtria ishte e përfshirë në shumë operacione në komunë, duke i koordinuar veprimet e saj me policinë.
Brigada 549 e Motorizuar e Ushtrisë, e komanduar nga Bozidar Deliç, ishte e vendosur në Prizren. Deliç më vonë u hetua nga prokuroria serbe për krime lufte, por nuk u padit kurrë. Pas luftës, Deliç ishte aktiv në politikën serbe dhe shërbeu si deputet para vdekjes së tij në 2022.