Liplje 3 je sekundarna masovna grobnica koja se nalazi u selu Liplje, osam kilometara jugozapadno od grada Zvornika. Grobnicu je u periodu između maja i juna 2005. godine ekshumirala Federalna komisija za nestale osobe Bosne i Hercegovine, dok je ekshumaciju nadzirala Međunarodna komisija za nestale osobe (ICMP). Pronađeni su posmrtni ostaci 57 osoba.
DNK analiza pokazala je veze između ovog sekundarnog grobnog mjesta i primarnog grobnog mjesta na brani Petkovci. U izvještaju forenzičara Međunarodnog krivičnog suda za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) o ekshumacijama u vezi sa Srebrenicom navodi se da su posmrtni ostaci jedne osobe pronađeni u najmanje dvije različite grobnice. Istraga je također pokazala DNK veze između tog mjesta i još dva grobna mjesta na istom području. To ukazuje na to da su ostaci, iskopani i uklonjeni iz primarne masovne grobnice na brani Petkovci, prebačeni u Liplje, udaljeno 20 kilometara.
Grobnica se nalazi na livadi, pored seoskog puta. Ostaje neoznačena.
Dana 14. jula 1995., osoblje vojske i policije bosanskih Srba je približno 1.000 bošnjačkih muškaraca iz Srebrenice iz pritvora u Bratuncu prevezlo u školu u Petkovcima, deset kilometara od Zvornika. Dana 14. jula 1995. i u ranim jutarnjim satima 15. jula, trupe i policija bosanskih Srba napale su i pucale na muškarce koji su bili zatočeni u školi.
Oko 14. jula 1995. i u ranim jutarnjim satima 15. jula, osoblje Zvorničke Vojske Republike Srpske, uključujući vozače i kamione Šestog pješadijskog bataljona, prevezlo je preživjele muškarce Bošnjake iz škole u Petkovcima na područje ispod Petkovaca. Potom su ih po automatizmu naoružali vojnici i policija vojske bosanskih Srba. Ujutro 15. jula, osoblje Inženjerijske čete Zvorničke brigade, radeći s drugim pojedincima i jedinicama, koristilo je bagere i drugu tešku opremu za sahranjivanje žrtava, dok su se pogubljenja nastavljala.
Čovjek koji se sakrio ispod mrtvih tijela kako bi izbjegao pogubljenje na brani, izjavio je na suđenju bivšem generalu VRS Ratku Mladiću pred MKSJ-om da je, kada je doveden u Petkovce, polje ispod brane “već bilo pokriveno tijelima”. Svjedok koji je iskaz dao pod kodnim imenom RM-253, rekao je da je pao na zemlju čim su vojnici otvorili vatru na njegovu grupu i sakrio glavu ispod nogu nekih zatvorenika koji su već bili mrtvi, nadajući se da će preživjeti.
Dok su se RM-253 i još jedan preživjeli skrivali, vidjeli su “kamion koji je sakupljao tijela i utovarivao ih na traktor, koji ih je potom odvozio dalje od polja ubijanja”.
Do sada su MKSJ i domaći sudovi na Balkanu osudili ukupno 47 osoba na više od 700 godina zatvora, plus četiri doživotne kazne, zbog zločina u Srebrenici.