Liplje 2 je sekundarna masovna grobnica koja se nalazi u selu Liplje, osam kilometara jugozapadno od Zvornika. Lokaciju je u augustu 1998. ekshumirao tim Međunarodnog krivičnog suda za bivšu Jugoslaviju (MKSJ). Pronađeni su posmrtni ostaci 191 osobe, dok su 163 identifikovane.
DNK analiza je pokazala veze između ove sekundarne grobnice i primarne grobnice na brani Petkovci, gdje su na terenu bile vidljive promjene. Prema forenzičkom izvještaju MKSJ-a o ekshumacijama u vezi sa Srebrenicom, to znači da su posmrtni ostaci jedne osobe pronađeni u najmanje dvije različite grobnice. Istraga je također pokazala DNK veze između ove i druge četiri grobnice koje se nalaze na tom području. To ukazuje da su posmrtni ostaci iskopani iz primarne masovne grobnice na brani Petkovci prebačeni na lokalitet Liplje, udaljen oko 20 kilometara.
Grobnica se nalazi na livadi oko koje ima nekoliko kuća i mali most, u blizini grobnice Liplje 1. Pored nje nalaze se dvije spomen-ploče, jedna u znak sjećanja na Bošnjake zatočene 1992. u logoru u selu, a druga posvećena ubijenima u selima Snagovo, Liplje, Jošanica, Samari, Sultanovići i Novo Selo u periodu od 1992. do 1995. godine. Sama grobnica je neoznačena.
Dana 14. jula 1995. godine, vojska i policija bosanskih Srba transportovale su približno 1.000 muškaraca Bošnjaka iz Srebrenice, iz mjesta zatočenja koja su se nalazila u Bratuncu i oko njega. Muškarci su prevezeni u školu u Petkovcima, deset kilometara od Zvornika. Toga dana, kao i u ranim jutarnjim satima 15. jula 1995. godine, vojska i policija bosanskih Srba napale su i strijeljale muškarce koji su bili zatočeni u školi.
Otprilike 14. jula i u ranim jutarnjim satima 15. jula 1995. godine, pripadnici Zvorničke brigade Vojske Republike Srpske (VRS), uključujući i vozače i kamione Šestog pješadijskog bataljona, transportovali su preživjele Bošnjake iz škole u Petkovcima na područje ispod brane Petkovci, gdje su ih vojnici i policajci strijeljali automatskim oružjem. U jutarnjim satima 15. jula, pripadnici inženjerijske čete Zvorničke brigade, zajedno s drugim pojedincima i jedinicama, pokopavali su žrtve bagerima i drugom teškom opremom, dok su se pogubljenja nastavljala.
Čovjek koji se sakrio ispod mrtvih tijela kako bi izbjegao pogubljenje na brani, na suđenju bivšem generalu VRS-a Ratku Mladiću pred MKSJ-om rekao je da je, kada je doveden u Petkovce, polje ispod brane “već bilo prekriveno tijelima”. Preživjeli, koji je svjedočio kao zaštićeni svjedok RM-253, ispričao je da je pao na zemlju čim su vojnici otvorili vatru na njegovu grupu i sakrio glavu ispod nogu nekih zatvorenika koji su već bili mrtvi, u nadi da će preživjeti.
Dok su se RM-253 i još jedan preživjeli skrivali, vidjeli su kako “utovarivač kupi tijela i baca ih na traktor, koji ih je odvozio dalje od mjesta ubistava”.
Do sada su MKSJ i lokalni sudovi na Balkanu osudili za zločine u Srebrenici ukupno 47 osoba na više od 700 godina zatvora, plus pet doživotnih kazni.